Laboratorium Ekologii Molekularnej

Wyposażenie

• Sekwenator Illumina MiSeq
• Sekwenator MinION
• System eletrforezy kapilarnej TapeStation
• 6 termocyklerów
• Realtime PCR BioRad CFX-96 Touch
• Aparatura do elektroforezy w żelach agarozowych, w tym elektroforezy pulsacyjnej wraz z systemem do obrazowania żeli
• Homogenizator BeadRuptor

Analizy

• ekstrakcja, ocena ilości i jakości DNA (w tym wysokocząsteczkowego DNA) oraz RNA,
• PCR i real-time PCR,
• sekwencjonowanie DNA technologią Illumina,
• sekwencjonowanie DNA technologią Oxford Nanopore,
• ekstrakcja określonej długości fragmentów DNA przy użyciu aparatu Pippin Prep
• przygotowanie bibliotek genomowych i amplikonowych TruSeq, Nextera i inne,
• przygotowywanie bibliotek RNAseq,
• przygotowywanie bibliotek RADseq,
• techniki celowanego resekwencjonowania: Sequence Capture and Molecular Inversion Probes

Zasady wykorzystania: współpraca naukowa (brak zasobów ludzkich do wykorzystania komercyjnego)

Osoba do kontaktu: Katarzyna Dudek (katarzyna2.dudek@uj.edu.pl)

Zespół Laboratoriów Ekochemii i Ekotoksykologii

Wszystkie informacje w witrynie Sharepoint: https://ujchmura.sharepoint.com/teams/ekochemLABUJ

Osoba do kontaktu: Małgorzata Kinasiewicz (malgorzata.kinasiewicz@uj.edu.pl)

Komory klimatyczne

35 komór hodowlanych o łącznej powierzchni ok. 300 m2

Osoba do kontaktu: Elżbieta Pochroń (elzbieta.pochron@uj.edu.pl)

Laboratorium bioenergetyki

Wyposażenie

• skomputeryzowane układy respirometryczne (systemy do pomiaru tempa konsumpcji tlenu i tempa uwalniania CO2 przez organizmy żywe), służące do pomiarów w układzie przepływowym jedno- i wielokanałowym lub w układzie zamkniętym,
• bieżnia dla małych zwierząt laboratoryjnych,
• analizatory do przyżyciowego pomiaru zawartości tłuszczu metoda TOBEC,
• detektory aktywności (skomputeryzowany system do badania behawioru),
• aparat do ekstrakcji lipidów.

Analizy

• pomiary tempa metabolizmu spoczynkowego i chwilowego wysiłkowego oraz przeciętnych wydatków energetycznych u różnych organizmów, przede wszystkim u drobnych kręgowców lądowych; przy pracy w systemie zamkniętym wykonywanie pomiarów respirometrycznych u bezkręgowców, w próbkach gleby, w koloniach mikroorganizmów i u roślin; badanie aktywności lokomotorycznej u zwierząt o masie od 1-200 g.; przyżyciowe oszacowania zawartości tłuszczu metodą TOBEC u drobnych gryzoni, rejestrowanie behawioru drobnych gryzoni i komputerowa analiza zapisów, pozwalająca na automatyczne zliczanie poszczególnych komponentów behawioru.

Zasady wykorzystania: współpraca naukowa

Osoba do kontaktu: Katarzyna Baliga-Klimczyk (katarzyna.baliga@uj.edu.pl)

Laboratorium Histologiczne

Wyposażenie

• Zautomatyzowany mikrotom rotacyjny Zeiss Hyrax M55 z uchwytem do bloczków i do kasetek.
• System transportu skrawków parafinowych na podgrzewanej wodzie wraz z łaźnią wodną Microm International GmbH.
• Kriostat Leica CM 1950 UV. Płyta grzejna CAT H3 Schott.
• Stacja do zatapiania w parafinie (moduł grzewczy Leica EG 1150 H i płyta chłodząca Leica EG 1150 C). Penseta grzewcza Leica EG F.
• Mikroskop świetlny Nikon Eclipse 80i (pole jasne, ciemne, kontrast faza, fluorescencja) z kamerą AxioCam MRc5 Zeiss oraz programem do akwizycji i analizy obrazu ZEN (Zeiss).
• Oprogramowanie Cell Sens Olympus do analizy zdjęć wirtualnych.
• Cieplarka Conbest (max. temperatura 70 °C).

Analizy

• sekcja zwierząt laboratoryjnych, utrwalanie tkanek, zatopienie materiału biologicznego w parafinie lub przygotowanie skrawków mrożeniowych; barwienie tkanek na potrzeby mikroskopii świetlnej i fluorescencyjnej. Akwizycja i analiza obrazu.

Zasady wykorzystania: współpraca naukowa

Osoba do kontaktu: Anna Łabęcka (anna.labecka@uj.edu.pl)

Laboratorium Mikrobiologii Ekologicznej

Wyposażenie

• cztery komory laminarne,
• trzy uniwersalne wytrząsarki z regulacją temperatury,
• cztery inkubatory z regulacją temperatury, wytrząsarka do płytek titracyjnych z regulacją temperatury,
• zestaw dziesięciu replikatorów do płytek titracyjnych typu 'zgrzebło',
• pipeta 96-dołkowa epMotion 96,
• sonikator/homogenizator do płytek titracyjnych, 
• wielofunkcyjny czytnik TECAN Infinite M200,
• wielodetekcyjny czytnik mikropłytek Spectramax iD3,
• cytometr przepływowy CytoFlex z 1 laserem i 4 kolorami oraz podajnikiem płytek 96 dołkowych

Analizy

• Wszechstronne przygotowanie i prowadzenie hodowli mikroorganizmów tlenowych oraz określanie różnych parametrów krzywej wzrostu mikroorganizmów. Ekstrakcja i analiza DNA i białek. Długoterminowe przechowywanie szczepów.

Zasady wykorzystania: współpraca naukowa

Osoba do kontaktu: Joanna Bobula (joanna.bobula@uj.edu.pl)

Pracownia behawioralno-akustyczna

Wyposażenie

• kamera cyfrowa SONY DCR-HC30E,
• detektor dźwięku S30,
• sprzęt firmy Avisoft Bioacoustics do nagrywania emitowanych ultradźwięków (UltraSoundGate 116H) ich odtwarzania (UltraSoundGate Player 116)
• program komputerowy do analizy oraz edycji sygnałów dźwiękowych (SASLab Pro software),
• Areny do badań behawioralnych – wiwaria, labirynty Y

Analizy

• wszechstronne badania behawioralne i akustyczne włącznie z badaniem i analizą ultradźwięków emitowanych przez zwierzęta, sporządzanie dokumentacji video i audio.

Zasady wykorzystania: współpraca naukowa

Osoba do kontaktu: Joanna Kapusta (joanna.kapusta@uj.edu.pl)

Laboratorium Ekologii Termalnej

• cztery szafy termostatyczne ST700 TOP + FIT (POL-EKO) z regulowaną temperaturą w zakresie: + 10°C - +45°C, oświetleniem LED (możliwość zaprogramowania trybu pracy dzień-noc) i regulacją wilgotności.
• Dwie szafy termostatyczne ST 3/3 PREM (POL-EKO) – wewnętrzne drzwi szklane, możliwość regulacji fotoperiodu; zakres temperatur +3°C - +70°C.
• Respirometr (SABLE SYSTEM).
• Zestaw do anestezji Drosophila melanogaster z użyciem CO2.
• Mikrowaga XP26 (METTLER TOLEDO).
• Semi-mikro kalorymetr 6725 (PARR).
• Kalorymetr 6100 (PARR).
• Czterokanałowy system analizowania i regulowania tlenu - Analyzer and Regulator System (LOLIGO SYSTEMS).

Zasady wykorzystania: współpraca naukowa

Osoba do kontaktu: Anna Sikorska (anna.sikorska@uj.edu.pl)

Słowa kluczowe Zespoły

• Adaptacji do Zmian Środowiska (Cichoń Mariusz) zmiany klimatu, biologia ptaków, mikrobiom, immunokompetencja, ekologia fizjologiczna i ewolucyjna
• Badań Społeczno-Środowiskowych (Grodzińska-Jurczak Małgorzata) Nauki społeczne w ochronie przyrody i środowiska, Ilościowe i jakościowe badania społeczne, badania systemów społeczno-ekologicznych, GIS w partycypacji społecznej, nauka obywatelska, popularyzacja i badania transdyscyplinarne
• Biologii Rozrodu Ssaków (Kruczek Małgorzata) behawior socjalny, gryzonie, ultradźwięki i feromony w komunikacji i rozrodzie, dobór płciowy, dobrostan zwierząt
• Ekologii Behawioralnej (Nowicki Piotr) analiza dynamiki (meta)populacji, analiza dyspersji, GIS, monitoring gatunków, ocena stanu siedlisk
• Ekologii Zwierząt Dziko Żyjących (Wierzbowska Izabela) Ekologia miejska, dziko żyjące zwierzęta, interakcje ludzi ze zwierzętami, ochrona przyrody, bioróżnorodność
• Ekosystemów Lądowych i Ekotoksykologii (Laskowski Ryszard) ekotoksykologia metali ciężkich i pestycydów, pestycydy w krajobrazie rolniczym, toksykokinetyka, toksykodynamika, mikrobiologia gleb
• Ekosystemów Wodnych (Pajdak-Stós Agnieszka) mikroskopowa analiza osadu czynnego, mikroskopia świetlna i fluorescencyjna w badaniach interakcji pomiędzy mikroorganizmami, identyfikacja makrofauny dennej, identyfikacja protista w oparciu o barwienia
• Ewolucji Strategii Życiowych (Czarnołęski Marcin) ewolucja cech historii życia, modelowanie optymalizacyjne alokacji zasobów, fizjologia ekologiczna, biologia termalna ektotermów, ekologiczna i ewolucyjna histologia, ekologiczna stechiometria
• Ewolucji Symbioz (Łukasik Piotr) bioróżnorodność, mikrobiom, symbiozy owadów, genomika porównawcza, sekwencjonowanie genów markerowych, bioinformatyka
• Fizjologii Ewolucyjnej (Koteja Paweł) energetyka zwierząt, ewolucja eksperymentalna, fizjologia ekologiczna, obserwacje behawioralne, respirometria, molekularne analizy mikrobiomu
• Genetyki Ewolucyjnej (Korona Ryszard) ewolucja eksperymentalna, genetyka molekularna, genomika funkcjonalna, klasyczne techniki laboratoryjne genetyki drożdżowej, bioinformatyka, genomika, transkryptomika,
• Genomiki i Ewolucji Eksperymentalnej (Babik Wiesław) bioinformatyka genomiczna, genomika adaptacji, ewolucja eksperymentalna, genomika krajobrazu, genomika populacyjna, immunogenetyka,
• Molekularnych Mechanizmów Symbiozy (Chrostek Ewa) interakcje mikrobiom-gospodarz, mikrobiologia, genetyka, genomika, ewolucja eksperymentalna, biologia molekularna
• Physiological Ecology (Bauchinger Ulf) Respiratory metabolism, field metabolic rate, body temperature, reproductive and movement performance, oxidative stress metabolites