Laboratorium Ekologii Molekularnej
Wyposażenie
- Sekwenator Illumina MiSeq
- Sekwenator MinION
- System eletrforezy kapilarnej TapeStation
- 6 termocyklerów
- Realtime PCR BioRad CFX-96 Touch
- Aparatura do elektroforezy w żelach agarozowych, w tym elektroforezy pulsacyjnej wraz z systemem do obrazowania żeli
- Homogenizator BeadRuptor
Analizy
- ekstrakcja, ocena ilości i jakości DNA (w tym wysokocząsteczkowego DNA) oraz RNA,
- PCR i real-time PCR,
- sekwencjonowanie DNA technologią Illumina,
- sekwencjonowanie DNA technologią Oxford Nanopore,
- ekstrakcja określonej długości fragmentów DNA przy użyciu aparatu Pippin Prep
- przygotowanie bibliotek genomowych i amplikonowych TruSeq, Nextera i inne,
- przygotowywanie bibliotek RNAseq,
- przygotowywanie bibliotek RADseq,
- techniki celowanego resekwencjonowania: Sequence Capture and Molecular Inversion Probes
Zasady wykorzystania: współpraca naukowa (brak zasobów ludzkich do wykorzystania komercyjnego)
Osoba do kontaktu: Katarzyna Dudek (katarzyna2.dudek@uj.edu.pl)
Zespół Laboratoriów Ekochemii i Ekotoksykologii
Wszystkie informacje w witrynie Sharepoint: https://ujchmura.sharepoint.com/teams/ekochemLABUJ
Osoba do kontaktu: Małgorzata Kinasiewicz (malgorzata.kinasiewicz@uj.edu.pl)
Komory klimatyczne
35 komór hodowlanych o łącznej powierzchni ok. 300 m2
Osoba do kontaktu: Elżbieta Pochroń (elzbieta.pochron@uj.edu.pl)
Laboratorium bioenergetyki
Wyposażenie
- skomputeryzowane układy respirometryczne (systemy do pomiaru tempa konsumpcji tlenu i tempa uwalniania CO2 przez organizmy żywe), służące do pomiarów w układzie przepływowym jedno- i wielokanałowym lub w układzie zamkniętym,
- bieżnia dla małych zwierząt laboratoryjnych,
- analizatory do przyżyciowego pomiaru zawartości tłuszczu metoda TOBEC,
- detektory aktywności (skomputeryzowany system do badania behawioru),
- aparat do ekstrakcji lipidów.
Analizy
- pomiary tempa metabolizmu spoczynkowego i chwilowego wysiłkowego oraz przeciętnych wydatków energetycznych u różnych organizmów, przede wszystkim u drobnych kręgowców lądowych; przy pracy w systemie zamkniętym wykonywanie pomiarów respirometrycznych u bezkręgowców, w próbkach gleby, w koloniach mikroorganizmów i u roślin; badanie aktywności lokomotorycznej u zwierząt o masie od 1-200 g.; przyżyciowe oszacowania zawartości tłuszczu metodą TOBEC u drobnych gryzoni, rejestrowanie behawioru drobnych gryzoni i komputerowa analiza zapisów, pozwalająca na automatyczne zliczanie poszczególnych komponentów behawioru.
Zasady wykorzystania: współpraca naukowa
Osoba do kontaktu: Katarzyna Baliga-Klimczyk (katarzyna.baliga@uj.edu.pl)
Laboratorium Histologiczne
Wyposażenie
- Zautomatyzowany mikrotom rotacyjny Zeiss Hyrax M55 z uchwytem do bloczków i do kasetek.
- System transportu skrawków parafinowych na podgrzewanej wodzie wraz z łaźnią wodną Microm International GmbH.
- Kriostat Leica CM 1950 UV. Płyta grzejna CAT H3 Schott.
- Stacja do zatapiania w parafinie (moduł grzewczy Leica EG 1150 H i płyta chłodząca Leica EG 1150 C). Penseta grzewcza Leica EG F.
- Mikroskop świetlny Nikon Eclipse 80i (pole jasne, ciemne, kontrast faza, fluorescencja) z kamerą AxioCam MRc5 Zeiss oraz programem do akwizycji i analizy obrazu ZEN (Zeiss).
- Oprogramowanie Cell Sens Olympus do analizy zdjęć wirtualnych.
- Cieplarka Conbest (max. temperatura 70 °C).
Analizy
- sekcja zwierząt laboratoryjnych, utrwalanie tkanek, zatopienie materiału biologicznego w parafinie lub przygotowanie skrawków mrożeniowych; barwienie tkanek na potrzeby mikroskopii świetlnej i fluorescencyjnej. Akwizycja i analiza obrazu.
Zasady wykorzystania: współpraca naukowa
Osoba do kontaktu: Anna Łabęcka (anna.labecka@uj.edu.pl)
Laboratorium Mikrobiologii Ekologicznej
Wyposażenie
- cztery komory laminarne,
- trzy uniwersalne wytrząsarki z regulacją temperatury,
- cztery inkubatory z regulacją temperatury, wytrząsarka do płytek titracyjnych z regulacją temperatury,
- zestaw dziesięciu replikatorów do płytek titracyjnych typu 'zgrzebło',
- pipeta 96-dołkowa epMotion 96,
- sonikator/homogenizator do płytek titracyjnych,
- wielofunkcyjny czytnik TECAN Infinite M200,
- wielodetekcyjny czytnik mikropłytek Spectramax iD3,
- cytometr przepływowy CytoFlex z 1 laserem i 4 kolorami oraz podajnikiem płytek 96 dołkowych
Analizy
- Wszechstronne przygotowanie i prowadzenie hodowli mikroorganizmów tlenowych oraz określanie różnych parametrów krzywej wzrostu mikroorganizmów. Ekstrakcja i analiza DNA i białek. Długoterminowe przechowywanie szczepów.
Zasady wykorzystania: współpraca naukowa
Osoba do kontaktu: Joanna Bobula (joanna.bobula@uj.edu.pl)
Pracownia behawioralno-akustyczna
Wyposażenie
- kamera cyfrowa SONY DCR-HC30E,
- detektor dźwięku S30,
- sprzęt firmy Avisoft Bioacoustics do nagrywania emitowanych ultradźwięków (UltraSoundGate 116H) ich odtwarzania (UltraSoundGate Player 116)
- program komputerowy do analizy oraz edycji sygnałów dźwiękowych (SASLab Pro software),
- Areny do badań behawioralnych – wiwaria, labirynty Y
Analizy
- wszechstronne badania behawioralne i akustyczne włącznie z badaniem i analizą ultradźwięków emitowanych przez zwierzęta, sporządzanie dokumentacji video i audio.
Zasady wykorzystania: współpraca naukowa
Osoba do kontaktu: Joanna Kapusta (joanna.kapusta@uj.edu.pl)
Laboratorium Ekologii Termalnej
- cztery szafy termostatyczne ST700 TOP + FIT (POL-EKO) z regulowaną temperaturą w zakresie: + 10°C - +45°C, oświetleniem LED (możliwość zaprogramowania trybu pracy dzień-noc) i regulacją wilgotności.
- Dwie szafy termostatyczne ST 3/3 PREM (POL-EKO) – wewnętrzne drzwi szklane, możliwość regulacji fotoperiodu; zakres temperatur +3°C - +70°C.
- Respirometr (SABLE SYSTEM).
- Zestaw do anestezji Drosophila melanogaster z użyciem CO2.
- Mikrowaga XP26 (METTLER TOLEDO).
- Semi-mikro kalorymetr 6725 (PARR).
- Kalorymetr 6100 (PARR).
- Czterokanałowy system analizowania i regulowania tlenu - Analyzer and Regulator System (LOLIGO SYSTEMS).
Zasady wykorzystania: współpraca naukowa
Osoba do kontaktu: Anna Sikorska (anna.sikorska@uj.edu.pl)
Słowa kluczowe Zespoły
- Adaptacji do Zmian Środowiska (Cichoń Mariusz) zmiany klimatu, biologia ptaków, mikrobiom, immunokompetencja, ekologia fizjologiczna i ewolucyjna
- Badań Społeczno-Środowiskowych (Grodzińska-Jurczak Małgorzata) Nauki społeczne w ochronie przyrody i środowiska, Ilościowe i jakościowe badania społeczne, badania systemów społeczno-ekologicznych, GIS w partycypacji społecznej, nauka obywatelska, popularyzacja i badania transdyscyplinarne
- Biologii Rozrodu Ssaków (Kruczek Małgorzata) behawior socjalny, gryzonie, ultradźwięki i feromony w komunikacji i rozrodzie, dobór płciowy, dobrostan zwierząt
- Ekologii Behawioralnej (Nowicki Piotr) analiza dynamiki (meta)populacji, analiza dyspersji, GIS, monitoring gatunków, ocena stanu siedlisk
- Ekologii Zwierząt Dziko Żyjących (Wierzbowska Izabela) Ekologia miejska, dziko żyjące zwierzęta, interakcje ludzi ze zwierzętami, ochrona przyrody, bioróżnorodność
- Ekosystemów Lądowych i Ekotoksykologii (Laskowski Ryszard) ekotoksykologia metali ciężkich i pestycydów, pestycydy w krajobrazie rolniczym, toksykokinetyka, toksykodynamika, mikrobiologia gleb
- Ekosystemów Wodnych (Pajdak-Stós Agnieszka) mikroskopowa analiza osadu czynnego, mikroskopia świetlna i fluorescencyjna w badaniach interakcji pomiędzy mikroorganizmami, identyfikacja makrofauny dennej, identyfikacja protista w oparciu o barwienia
- Ewolucji Strategii Życiowych (Czarnołęski Marcin) ewolucja cech historii życia, modelowanie optymalizacyjne alokacji zasobów, fizjologia ekologiczna, biologia termalna ektotermów, ekologiczna i ewolucyjna histologia, ekologiczna stechiometria
- Ewolucji Symbioz (Łukasik Piotr) bioróżnorodność, mikrobiom, symbiozy owadów, genomika porównawcza, sekwencjonowanie genów markerowych, bioinformatyka
- Fizjologii Ewolucyjnej (Koteja Paweł) energetyka zwierząt, ewolucja eksperymentalna, fizjologia ekologiczna, obserwacje behawioralne, respirometria, molekularne analizy mikrobiomu
- Genetyki Ewolucyjnej (Korona Ryszard) ewolucja eksperymentalna, genetyka molekularna, genomika funkcjonalna, klasyczne techniki laboratoryjne genetyki drożdżowej, bioinformatyka, genomika, transkryptomika,
- Genomiki i Ewolucji Eksperymentalnej (Babik Wiesław) bioinformatyka genomiczna, genomika adaptacji, ewolucja eksperymentalna, genomika krajobrazu, genomika populacyjna, immunogenetyka,
- Molekularnych Mechanizmów Symbiozy (Chrostek Ewa) interakcje mikrobiom-gospodarz, mikrobiologia, genetyka, genomika, ewolucja eksperymentalna, biologia molekularna
- Physiological Ecology (Bauchinger Ulf) Respiratory metabolism, field metabolic rate, body temperature, reproductive and movement performance, oxidative stress metabolites