Wydział Biologii UJ rozpoczął działalność w 1951 r. Rozwijające się w jego obrębie nauki przyrodnicze – biologia, geografia i geologia, nauki o środowisku oraz biologia molekularna, która usamodzielniła się w 2002 r., tworząc osobny Wydział Biochemii, Biofizyki i Biotechnologii, ukształtowały się w ciągu wielu wieków historii Uniwersytetu Jagiellońskiego. 20 marca 2017 r., zgodnie z Zarządzeniem nr 34 Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego z 13 marca 2017 r., utworzony został Wydział Geografii i Geologii, w którego skład wszedł Instytut Geografii i Gospodarki Przestrzennej oraz Instytut Nauk Geologicznych, uprzednio znajdujące się w strukturze Wydziału Biologii UJ.

Obecnie w skład Wydziału Biologii wchodzą trzy Instytuty: Botaniki, Nauk o Środowisku oraz Zoologii i Badań Biomedycznych.